L'estómac dels acabats de néixer està recobert d'una població microbiana heretada de la mare. Durant l'embaràs el bebè s'alimenta de líquid amniòtic. Aquest líquid amniòtic està ple de bacteris procedents de l'intestí matern i que han estat capaços de penetrar en la barrera placentària. Aquest líquid amniòtic és ingerit pel nadó i és filtrat pels seus ronyons. D'allà travessa tot el sistema digestiu i es diposita a l'estómac creat una biomembrana protectora.
Els bacteris estan en comunicació directa amb el cervell mitjançant una relació bidireccional entre les connexions neuronals i la mateixa microbiota intestinal. Els científics assenyalen que aquests bacteris podrien constituir el primer estímul per al desenvolupament del sistema immune del nadó i és capaç de protegir-lo d'al·lèrgies, d'episodis d'asma i d'altres malalties, per la qual cosa la seva evolució és molt important.
Després del naixement l'alimentació del bebè serà la que influeixi en la població bacteriana. Per aquest motiu és molt valuosa la llet materna, ja que conté bacteris beneficiosos per a la microbiota de l'acabat de néixer. Aquests bacteris ajuden el sistema immune a evolucionar i a assentar-se en el tendre estómac del nadó. Per altra banda, la llet de fórmula és estèril de manera que la població microbiana dels nens alimentats amb ella no evolucioni de la mateixa manera que els que es nodreixen amb la llet materna.