El estómago de los recién nacidos está recubierto de una población microbiana heredada de la madre. Durante el embarazo el bebé se alimenta de líquido amniótico. Este líquido amniótico está pleno de bacterias procedentes del intestino materno y que han sido capaces de penetrar en la barrera placentaria. Este líquido amniótico es ingerido por el bebé y es filtrado por sus riñones. De allá atraviesa todo el sistema digestivo y se deposita al estómago creado una biomembrana protectora.
Las bacterias están en comunicación directa con el cerebro mediante una relación bidireccional entre las conexiones neuronales y la misma microbiota intestinal. Los científicos señalan que estas bacterias podrían constituir el primer estímulo para el desarrollo del sistema inmune del bebé y es capaz de protegerlo de alergias, de episodios de asma y otras dolencias, por lo cual su evolución es muy importante.
Después del nacimiento la alimentación del bebé será la que influya en la población bacteriana. Por este motivo es muy valiosa la leche materna, puesto que contiene bacterias beneficiosas para la microbiota del recién nacido. Estas bacterias ayudan el sistema inmune a evolucionar y a asentarse en el tierno estómago del bebé. Por otro lado, la leche de fórmula es estéril de forma que la población microbiana de los niños alimentados con ella no evolucione del mismo modo que los que se nutren con la leche materna.